Construire une cellule virtuelle avec l’IA, Remplacer les chats dans la recherche sur la toxoplasmose, Organoïdes des trompes de Fallope humaines et plus encore
Actus des méthodes non-animales
3 - 7 MARS 2025NEWS, RAPPORTS, PRISES DE POSITION
1. Comment construire des cellules virtuelles avec l’intelligence artificielle ?
Les systèmes cellulaires sont essentiels à la compréhension de la santé et des maladies, mais les modèles traditionnels ne parviennent pas à modéliser et à simuler complètement leurs fonctions et comportements. Deux révolutions scientifiques et technologiques passionnantes – pour l’IA et avec les approches omiques – permettent désormais le développement de modèles virtuels cellulaires directement à partir de données, offrant ainsi une opportunité sans précédent pour une vision ambitieuse d’une cellule virtuelle avec l’IA (AIVC pour AI Virtual Cell), un modèle multi-échelle, multimodal, basé sur un grand réseau neuronal qui peut représenter et simuler le comportement de molécules, de cellules et de tissus dans différents contextes.
La conception d’une AIVC transformera la recherche biologique en permettant des simulations haute fidélité, en accélérant les découvertes et en guidant les études expérimentales, offrant ainsi de nouvelles opportunités pour comprendre les fonctions cellulaires et en favorisant les collaborations interdisciplinaires dans une perspective de science ouverte.
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2. La Commission européenne adopte sa proposition pour le prochain agenda politique de l’EER 2025 – 2027
Le 28 février dernier, la Commission européenne a adopté sa proposition de recommandation du Conseil sur l’agenda politique de l’Espace européen de la recherche 2025 – 2027.
Les actions de l’Espace Européen de la Recherche (EER) planifiées pour les trois prochaines années sont : accélérer les investissements en R&I pour la transformation industrielle et la compétitivité durable de l’Europe ; accélérer les nouvelles méthodologies d’approche (NAM) pour faire progresser la recherche biomédicale et les tests de médicaments et de dispositifs médicaux ; un cadre harmonisé et coordonné pour une approche européenne de l’intégrité et de l’éthique dans la R&I face aux défis émergents.
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INTERVIEWS, NOMINATIONS, RÉCOMPENSES
3. Interview d’Yunhao Zhai : modélisation et compréhension du système immunitaire
La série Humans of the Wyss (HOW) présente des membres de la communauté du Wyss Institute discutant de leur travail, de leurs influences professionnelles et de leurs collaborations au sein du Wyss Institute et au-delà.
Découvrez l’interview de Yunhao Zhai qui a rejoint le Wyss il y a quatre ans, après avoir étudié la biochimie, la biologie moléculaire et l’immunologie en Chine et en France. Aujourd’hui, il utilise le lymph-node-on-chip (ganglions-lymphatiques-sur-puce) humain pour sélectionner des thérapies potentielles et, à terme, augmenter le taux de réussite des essais cliniques.
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4. Remplacer les chats dans la recherche sur la toxoplasmose
Le plan Innovation Santé 2030 a lancé en 2023 un appel à projets “Chaires d’excellence en biologie et en santé” visant à renforcer l’excellence de la recherche biomédicale française et de financer des équipes de recherche pendant cinq ans. Les 22 premiers lauréats ont été récompensés en 2024, et le FC3R a rencontré l’un d’entre eux.
Le Dr Mohamed-Ali Hakimi est directeur de recherche Inserm et dirige une équipe spécialisée en parasitologie à l’Institut pour l’Avancée des Biosciences (IAB) de Grenoble (Inserm, CNRS). Le projet porté par le Dr Hakimi propose d’étudier le parasite Toxoplasma gondii à l’aide de cultures cellulaires in vitro, remplaçant ainsi les chats, habituellement utilisés en recherche pour mieux comprendre l’infection par ce parasite.
OUTILS, PLATEFORMES, APPELS
5. Appel à projets France 2030 : vers des biothérapies et une biofabrication innovantes et multidisciplinaires
Un nouvel appel à projets en deux phases, doté d’un budget total de 13,5 millions d’euros, a été lancé le 3 mars 2025 pour encourager les initiatives de recherche multidisciplinaires visant à transformer le domaine des biothérapies. L’objectif ? Concevoir de nouvelles solutions thérapeutiques, optimiser les procédés de biofabrication et renforcer leur acceptabilité sociale.
Cet appel à projets offre une opportunité unique d’innover dans le domaine des biothérapies en réunissant des expertises diverses pour relever des défis scientifiques, technologiques et sociétaux. Si vous êtes une équipe académique française prête à collaborer et à repousser les frontières des connaissances, cet appel est fait pour vous. Date limite de l’appel : 17 avril 2025
INDUSTRIES, BIOTECHS, PARTENARIATS
6. Owkin lance ATLANTIS : un programme basé sur des données de patients(e) issues de 7 pays et 11 domaines thérapeutiques
Owkin, un pionnier de l’IA agentique pour décoder les complexités de la biologie, a lancé un programme complet de découverte de données multimodales sur les patient(e)s pour accélérer l’accès aux données multimodales et faire progresser la recherche médicale.
Lancé en septembre 2024, le programme vise à cartographier 11 domaines thérapeutiques à travers le vaste réseau transatlantique d’Owkin, et devrait s’achever d’ici mai 2025. Les données découvertes issues du programme alimenteront Owkin K, le logiciel d’Owkin, permettant des découvertes plus rapides et améliorant les pronostics des patient(e)s dans le monde entier.
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7. Illumina et Broad Institute lancent un projet de transcriptomique spatiale
L’entreprise Illumina a annoncé une collaboration avec le Broad Institute sur un projet phare qui vise à faire progresser la recherche en transcriptomique spatiale en utilisant la nouvelle plateforme technologique spatiale d’Illumina conçue pour permettre le profilage du transcriptome entier produisant des données au niveau cellulaire sur de grands échantillons de tissus avec une résolution quatre fois supérieure.
“La transcriptomique spatiale ouvre des voies entièrement nouvelles pour obtenir des informations cruciales sur la fonction cellulaire des organismes”, déclare Steve Barnard, PhD, directeur technique d’Illumina.
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DÉCOUVERTES SCIENTIFIQUES & PROTOCOLES
8. Organoïdes humains des trompes de Fallope pour mieux comprendre les causes de l’infertilité et améliorer la PMA
Une équipe de chercheur(e)s de l’Université de Toulouse, du CHU de Toulouse et de l’Inserm a réalisé une double avancée qui pourrait avoir des implications pour l’optimisation des techniques de procréation médicalement assistée (PMA). Non seulement ils sont parvenus à fabriquer des organoïdes humains des trompes de Fallope fonctionnels, mais ils ont également démontré que leur utilisation permet de maintenir la mobilité des spermatozoïdes à des niveaux supérieurs à ceux obtenus dans les milieux de culture actuellement utilisés pour la PMA.
Ces résultats sont publiés dans le numéro de janvier de la revue Human Reproduction.
9. Génération d’organoïdes cérébraux fœtaux humains et l’utilisation de CRISPR pour la modélisation des tumeurs cérébrales
Le cerveau humain en développement présente des caractéristiques uniques difficiles à étudier dans des modèles animaux. Une équipe de recherche aux Pays-Bas a établi des conditions de culture pour obtenir des cultures d’organoïdes directement à partir de tissus cérébraux fœtaux humains en préservant l’intégrité des tissus, qui peuvent être cultivés à long terme et présentent une hétérogénéité cellulaire et une organisation complexe.
L’équipe a publié un protocole qui décrit des procédures détaillées pour établir des organoïdes cérébraux fœtaux humains qui conservent globalement des caractéristiques tissulaires d’origines, ainsi que des procédures pour leur passage et leur caractérisation. En outre, ils décrivent des approches d’ingénierie génomique pour générer des lignées mutantes de ces organoïdes qui servent de modèles polyvalents de cancer du cerveau.
Lire la publication dans Nature Protocols (EN)
10. Évaluation d’une toolbox non animale basée sur les AOP pour les risques respiratoires humain
Une nouvelle étude a examiné une toolbox non animale pour l’évaluation des risques de nouvelle génération (NGRA), et particulièrement pour évaluer les risques respiratoires induits par les produits chimiques à l’aide de modèles humains des voies respiratoires supérieures et inférieures, à savoir respectivement les systèmes MucilAir™-HF et EpiAlveolar™.
Les résultats suggèrent que la combinaison d’approches in silico et de nouvelles approches in vitro (NAM) s’appuyant sur les données des voies d’effets indésirables (AOP pour Adverse Outcome Pathways) associées à la toxicité pulmonaire peut fournir une couverture biologique pertinente pour l’évaluation de la sécurité chimique respiratoire.
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11. Actualisation du MLinvitroTox pour une priorisation à haut-débit des risques
MLinvitroTox est un système de machine learning (ML) développé pour la priorisation à haut débit des signaux toxicologiquement pertinents détectés dans des échantillons environnementaux complexes par spectrométrie de masse en tandem à haute résolution (HRMS/MS).
Un groupe de recherche vient de publier un programme Python MLinvitroTox v2 qui, en plus de l’automatisation, étend les fonctionnalités pour inclure la prédiction de la toxicité à partir des structures, le décryptage et la génération d’empreintes chimiques, la personnalisation des modèles et le réentraînement sur des données personnalisées. De plus, grâce aux améliorations apportées au traitement des données de bioactivité, la version actuelle introduit des améliorations dans la précision du modèle, la couverture des cibles mécanistiques biologiques et l’interprétabilité globale.
